La Unidad de Ecotecnologías cuenta con cinco líneas de investigación prioritarias: Energía, Agua, Vivienda, Sistemas Alimentarios y Residuos; mediante las cuales busca promover el uso sustentable de los recursos naturales. La investigación de dichas temáticas están bajo la responsabilidad de investigadores del Instituto de Investigaciones en Ecosistemas y Sustentabilidad.