Las ventajas de la cromatografía flash automatizada son muchas. Es fácil, rápido, relativamente económico, requiere un tiempo de desarrollo mínimo, utiliza menos solvente y ofrece resultados más exigentes. Estas ventajas hacen que la tecnología flash sea una de las técnicas más populares para purificar productos intermedios farmacéuticos, así como productos orgánicos finales. También se utiliza mucho en la investigación de productos naturales. Además, la columna flash automatizada ofrece ventajas ecológicas sobre las columnas flash manuales, ya que los sistemas automatizados pueden ofrecer cambios en la composición del disolvente más fácilmente que los métodos manuales. Luego, los usuarios pueden variar la composición del disolvente para aumentar la intensidad del gradiente a lo largo del experimento, lo que obliga a los compuestos fuertemente retenidos a eluir de la columna más rápidamente.